Le choix pédagogique de Skol ar Mor est celui du "chantier-école". Les élèves se forment par la pratique à toutes les étapes de la construction de bateaux bois de divers types. Ces bateaux sont proposés à la vente et, sous réserve de ne pas donner lieu à une concurrence déloyale vis à vis des chantiers professionnels, peuvent être fabriqués sur commande. L’école vise aussi à devenir un «centre international de transmission des savoir-faire traditionnels maritimes» et de nombreux contacts avec des organismes étrangers sont déjà en place.
Cette formation est éligible au CPF